La Asamblea Nacional, máxima autoridad de la Organización, está conformada por las personas delegadas que se reúnen en forma ordinaria o extraordinaria. La Asamblea Nacional ordinaria elige a las personas en los cargos de Junta Directiva y de Junta de Vigilancia, que dirigen y vigilan los destinos de la Organización por un periodo de dos años. La Junta Directiva se compone por 5 y la Junta de Vigilancia por 3 cargos.

Las Organizaciones que conforman la Membrecía de la Red COMAL se organizan a nivel regional en Comités Regionales y localmente en organizaciones comunitarias. Las personas que integran los Comités Regionales son, a su vez, delegadas a la Asamblea Nacional.

La Junta Directiva selecciona y contrata a una persona en el puesto de Director Ejecutivo, quien tiene como función la gestión de planes, programas y proyectos institucionales. Para atender los requerimientos de la Organización, la persona Directora Ejecutiva conforma la Unidad Técnica con personas en los puestos que se requieran para desempeñar las funciones, conforme al Organigrama, realizando actividades de acompañamiento en el ámbito económico social y técnico, lo mismo que en actividades administrativo contables y de gestión.